Der in Prag geborene Petr Wagner studierte zunächst Cello mit Josef Chuchro am dortigen Konservatorium sowie Musikwissenschaft an der Karls-Universität und an der Royal Holloway University in London. Während dieser Zeit kam er mit der Viola da Gamba in Berührung. Seine Lehrer waren Richard Boothby und später Jaap ter Linden an der Akademie für Alte Musik in Dresden.

Nach Beendigung des Studiums in Dresden wurde er zum Studium mit Wieland Kuijken am Königlichen Konservatorium in Den Haag eingeladen, welches er mit dem Uitvoerend Musicus Solo-Diplom abschloß.

Als Solist und Kammermusiker trat Petr bei zahlreichen Festivals in Europa sowie in Israel, Japan und Mexico auf.

1998 gründete Wagner zusammen mit international bekannten Musikern das Ensemble Tourbillon, welches sich hauptsächlich mit dem Repertoire des 17. und 18. Jahrhunderts – Couperin, Bach, Marais, Rebel, Purcell, Finger, Fischer und Händel – beschäftigt.

Petr nimmt regelmäßig für die BBC, Polish Radio, Czech Radio und für das Tschechische Fernsehen auf und hat bereits über 40 CDs als Solist oder Kammermusiker eingespielt. Seine Solo-Aufnahmen mit Musik von Dollé (Dorian Recordings, 2003) und Gottfried Finger (Arta, 2006) wurden weltweit mit Enthusiasmus empfangen.

2011 veröffentlichte Wagner als Welt-Premiere eine Aufnahme von Roland Marais Pèces de Viole beim ACCENT Label, welche von der Kritik unverzüglich gelobt wurde. Zusammen mit dem Ensemble Tourbillon spilete Petr eine neue CD mit dem Titel „Gottfried Finger: The Complete Music for Viola da Gamba Solo“ ein, welche 2012 ebenfalls beim ACCENT Label erschien. Neben seiner Konzerttätigkeit unterrichtet Petr Wagner Viola da Gamba an der Masaryk-Universität in Brünn und an der Lidzbark Warmin´ski Early Music Summer School. Wagner leitet außerdem Meisterkurse in Prag, Düsseldorf und Moskau.